El pH es un factor determinante en la fisiología de los cultivos y debido a las prácticas agrícolas éste tiende a ser por lo general de carácter alcalino, tanto en el suelo como en el agua, lo que influye negativamente en la actividad microbiana del suelo y en la presencia de determinados nutrientes que en estos medios suelen lixiviarse, como es el caso del hierro.

El zumo de limón es inyectado al agua de riego para tratar el taponamiento causado por el carbonato de calcio (Cal) y la precipitación de magnesio. El agua con un pH de 7,5 o más y un nivel de bicarbonato de más de 100 ppm probáblemente presentará problemas de precipitación de cal, dependiendo de la dureza del agua. La cantidad de calcio y magnesio determina dicha dureza. Ésta se clasifica de la siguiente forma:

Suave: 0 a 60 ppm de calcio y magnesio
Moderada: de 61 a 120 ppm
Dura: de 121 a 180 ppm
Muy Dura: más de 180 ppm

Casi todos los tratamientos de fumigación con productos ecológicos deben realizarse en pH en torno al 6,5 por lo que la labor del zumo de limón es primordial; de hecho pHs distintos a 6,5 influyen mucho en la eficacia del tratamiento.

El zumo de limón concentrado posee un pH de 2,2 (el vinagre está en torno al 3) por lo que las cantidades que se aplican para corregir son mínimas; en todo caso depende del tipo de agua, pH que debemos conseguir y del que partimos inicialmente,... ; todo esto nos lleva a que dicho proceso siempre deba controlarse con la utilización de un medidor o controlador de pH.